QNA > I > Se Coltivassi Una Pianta Da Un Seme, Potrei Trovare Il Suo Albero Genitore Usando Il Dna?
Domanda

Se coltivassi una pianta da un seme, potrei trovare il suo albero genitore usando il DNA?

Risposte
01/30/2022
Chiquita Gatchell

Sure, supposing you have the expertise and apparatus to clone one or several genes (or pay someone to do it), and supposing sequences for that gene are available in NCBI's genbank (they have pretty good coverage for many genes). Suppose you get a partial sequence for cytochrome b like:

  1. acctcccgat ttgtcaggta tactacgaag aatggcatag atgggtaaga aataccattc
  2. cggcacaata tgaggcgggg tgggcatcgg attagcaggt atataattgt cgggatgccc
  3. caaaacatta ggagcataaa aaatccaaaa ggaaaaaaag atagcaaaag ctacccaacc
  4. tactagatcc tttacataaa aataagggta aaaagaaatt ttatccatct ctgaatgtac
  5. acctaatgga ttatttgatc catattgatg caatgcggcc agatgaagaa gactggcgcc
  6. tactaaaaga aaagggagta aatgatgaag actaaaaaaa cgatttaagg tggcattgtc
  7. cacggagaaa ccaccccaaa gccaagtcac tatgctatct cctactacag gtatagcgct
  8. agctaagctt gtaattactg tagctcccca aaagctcatc tgaccccaag gtagtacgta
  9. tcctataaaa gctgtcacaa tcattaataa gaagattaca accccgagac accgaacaaa
  10. ttccctagga ctgctataac tcgcatgata tagaccacga aaaatatgaa ggtgaaccac
  11. aatgagaaac atacttgccc cattagcatg catataacgg agcaaccagc ccccttcaac
  12. atctctcata atgtgttcta cgctgttgaa agctagatcc acatgaggtg tataatgcat
  13. agctaaaaaa acgccagtca ctatctgaat gactaaacaa atcccagcta acgaaccgaa
  14. tccccaccaa taactaatat tgctcggggt tggataatct atcaaatgct gattaagtgt

Go to NCBI's nucleotide BLAST site: Search nucleotide databases using a nucleotide query

Paste your sequence in the first box where it says enter query sequence. It's OK if there are spaces or even sequence numbers interspersed, everything except ATCG gets ignored. Now scroll down past various options to the button labeled BLAST and click it. The page reloads several times until the search is finished, then displays the result. Ci sono diverse schede, ma quella predefinita elenca le corrispondenze e le loro statistiche, in ordine, partendo dalle migliori corrispondenze fino alle peggiori (solo le prime cento saranno visualizzate). Ogni riga inizia con il nome scientifico dell'organismo, con le statistiche elencate a destra. Fate attenzione alla colonna etichettata per. ident (% di identità). I primi quattro sono tutti identici al 100%. Sono tutti di Silene vulgaris o Silene latifolia. Apparentemente queste due specie hanno esattamente la stessa sequenza per questo gene, quindi per distinguerle bisognerebbe sequenziare altro DNA.

Tuttavia Silene littoria, e diversi altri isolati di Silene vulgaris, hanno solo il 99,88% di identità. Poiché la sequenza è un po' meno di 1000 basi, questo significa che una base differisce. Ci si chiede se si tratta di un errore di sequenziamento. In ogni caso sapete che la vostra pianta è Silene o qualcosa di simile. Cerca Silene in wikipedia e scopri che è un fiore, comunemente chiamato Campion o Catch-fly.

Clicca sulla scheda allineamenti o clicca su uno dei nomi delle specie, e ti mostrerà l'allineamento della sequenza con la tua sequenza di query. Vedi se riesci a trovare il mismatch di 1 base nei ceppi successivi di S. vulgaris.

02/20/2022
Rowland

Io ne dubito. Ma i ricercatori della Monsanto potrebbero. Per identificare qualsiasi cosa al giorno d'oggi bisogna avere un accesso al database e le conoscenze su come recuperare i dati che sta cercando. E, tipicamente, questo richiede anni e decenni di studio e ricerca. Ma buona fortuna comunque

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