C'erano alcune ragioni. Alcune erano interne alla storia, e un paio sono esterne alla storia.

Interno alla storia, Hermione ha fatto una scelta impulsiva di prendersi la colpa da sola. Ha mentito sui motivi per cui si trovava nel bagno, noterete, non su quelli di Harry e Ron, che in effetti sono andati a cercarla quando hanno capito che doveva essere avvertita del pericolo. Non rivelando che era in bagno a piangere per le osservazioni di Ron, si è salvata dall'ammettere ciò che Ron aveva detto su di lei - il che sarebbe stato imbarazzante per lei, e anche per Ron, che sarebbe stato messo in cattiva luce per ciò che aveva detto. Probabilmente ha anche mentito perché era grata a loro per averle salvato la vita, e voleva ripagarli un po' per averlo fatto tenendoli fuori dai guai. Era anche una cosa altamente Grifondoro da fare: I Grifondoro sono notoriamente impulsivi, e come ho detto, lei ha preso una decisione divisa. Se si fosse presa il tempo di pensare, avrebbe capito che non sarebbe stato male se avessero raccontato tutta la storia. E ha funzionato, no?

Storia-esterna, JKR voleva l'opportunità di far entrare Hermione nel gruppo di amici di Harry. Facendoli passare attraverso questa esperienza traumatica insieme, e facendo in modo che Hermione coprisse le parole infelici di Ron, ha dato loro un motivo per legare. Inoltre, IMO, è anche riuscita ad inserire un po' di prefigurazione degli eventi successivi: mentre è stata l'idea di Harry di andare a cercare, ed entrambi hanno combattuto il troll insieme, è stato Ron che ha effettivamente steso il troll e salvato la vita di Hermione! Con questo, ha indicato la loro futura accoppiata. (Proprio come Harry che salva la vita di Ginny al primo anno prefigurava la loro successiva accoppiata).

Penso che il film abbia colto questo punto meglio del libro in realtà, ma la ragione per cui Hermione ha mentito è stata quella di prevenire ulteriori indagini sul perché si trovasse in quel bagno in primo luogo, e per proteggere Ron da quelle indagini. Era in bagno solo perché Ron aveva passato la mattina prima a prenderla in giro e l'aveva fatta arrabbiare abbastanza da saltare la festa di Halloween per farsi un bel pianto in bagno. Ron si era ovviamente redento ai suoi occhi aiutando a salvarla dal troll, quindi non voleva che Ron si mettesse nei guai.

In realtà è divertente, quando sono andato a rileggere questa sezione prima di scrivere questa risposta ho scoperto che il mio segnalibro da collezione di Harry Potter di 18 anni era stato lasciato proprio in quella pagina dove succede questo.