La cultura del kombucha contiene acetobacter, che sono una specie di batteri che convertono l'alcol in acido acetico (aceto) e cellulosa. Il kombucha ben fermentato conterrà sempre una certa quantità di acido acetico, e avrà sempre (almeno) un leggero sapore di aceto.

Il sapore di aceto deriva dalla produzione di acidi organici durante la conversione dell'alcol da parte dei batteri. Man mano che questi acidi vengono sintetizzati, il kombucha diventa più acido, conferendo un sapore più aspro e amaro man mano che la fermentazione procede