In generale, direi che Linux o altri sistemi basati su Unix sarebbero i più ideali per gli impianti nucleari.

I sistemi Linux hanno più versatilità di Windows per questo tipo di applicazioni, soprattutto perché il kernel del sistema (lo strato tra l'hardware e il software sul computer) può essere cambiato/manipolato per supportare architetture di sistema vecchie o proprietarie, e può essere modificato o messo a punto come necessario per l'uso.

Per quanto riguarda la stabilità, sia Linux che Windows sono abbastanza stabili, tuttavia ho scoperto che il kernel NT (Windows) ha generalmente molti più difetti pertinenti, derivanti da scelte di progettazione che Microsoft ha fatto che danno la priorità alla velocità rispetto ad un design superiore. Uno di questi esempi è il caricamento dei caratteri, che di solito è fatto dal Kernel NT invece che da un processo di livello superiore. Questo permetterebbe a chiunque di caricare un font con codice maligno nel kernel, e con la giusta preparazione, potrebbe potenzialmente essere fatalmente dannoso per il sistema. Non sono sicuro se questo problema sia mai stato risolto, potrebbe non essere più applicabile all'iterazione più moderna del kernel (dato che non ho controllato su Windows 10).

I sistemi Linux hanno anche recentemente introdotto la possibilità di aggiornare il kernel e il sistema operativo senza bisogno di riavviare. Se ricordo, i sistemi Fedora e OpenSUSE hanno implementato uno strumento GUI per questo, che sarebbe ideale per i processi che non possono fermarsi in centrale, ma dovrebbero anche essere aggiornati all'ultima versione del kernel Linux.

L'altro problema è che Windows è molto più popolare e conosciuto, quindi, virus ed exploit sono i più noti su questo sistema, e Windows sarebbe probabilmente più suscettibile di attacchi di più alto profilo (come Stuxnet). Questo non vuol dire che Linux sia migliore dal punto di vista architetturale - si potrebbe discutere a favore e contro per secoli su questo - ma quello che posso dire è che Linux ha generalmente la sicurezza di un relativo anonimato.

Linux può anche essere eseguito in diversi metodi, e per quanto riguarda le applicazioni embedded, ho lavorato con una versione RTOS e personalmente lo trovo abbastanza buono per questi tipi di sistemi (come robot e macchine programmabili). So che Windows ha anche qualcosa per i sistemi ARM embedded, ma non l'ho usato e quindi non posso dire molto al riguardo.

In sostanza, direi generalmente che Linux è migliore per la personalizzazione, meno virale, e i recenti progressi che garantiscono un facile aggiornamento per i processi critici.