It's an old categorisation that isn't much in use anymore, to the best of my knowledge. Many sources nowadays categorise it as Cedrus atlantica[1][2], but it used to be categorised as C. libani subsp. atlantica.

So it used to be a subspecies, now it's its own species. But in practice its old categorisation will also still be in use, this happens often with (newly) recategorised species.

Anyway, whether or not their names look alike does not necessarily tell you all that much. They're both Cedrus so they're in the same family, atlantica indicates one was first found in the Atlas mountains in Morocco, the other, libani, first in Libanon. That means they're in an overlapping or at least bordering habitat, the Mediterranean basin,with a similar climate.

Also my non-expert eyes do happen to think they're alike. I believe the Atlas cedar has smaller cones and slightly shorter needles but that's it. But then, C. libani has many subspecies so maybe we're thinking of different specimens.

Footnotes

Non posso rispondere alle domande iniziali o finali, ma posso affrontare la parte centrale.

Per gli alberi come i cedri e i ginepri, la forma dell'albero dipende molto dal clmate locale. L'altitudine, le condizioni dell'acqua, la ventosità, la temperatura massima e minima, la presenza di animali da sfogliare, la fertilità del suolo... tutto influenza la crescita dell'albero. Un luogo può produrre alberi alti con lunghi internodi che assomigliano ai pini da lontano, un altro può produrre più di un cespuglio, un terzo la forma più compatta e stretta vista nei dipinti di Van Gogh. I semi sono ampiamente dispersi (dagli uccelli nel caso dei ginepri), ma tutti gli alberi nella stessa zona si assomigliano perché si trovano nelle stesse condizioni. Se si prendono semi da luoghi diversi e li si pianta insieme, tendono ad assomigliare alla varietà locale.

Per quanto riguarda i nomi, i nomi regionali delle specie non sono veramente organizzati e non ci si può fidare.