Si può fare, e possono diventare rossi comunque, se tenuti abbastanza a lungo dopo la raccolta. Se vuoi usarli subito dopo la raccolta, allora suppongo che dipenda dal sapore che vuoi ottenere in qualsiasi cosa li usi.

I peperoni verdi tendono a essere un po' più delicati rispetto a quelli rossi, più maturi, e hanno un sapore più fresco.

In definitiva, se hai peperoni in diversi stadi di maturazione, sulla stessa pianta o magari su un paio di piante, sei libero di scegliere quello che ti piace di più.