I pesticidi (nome del gruppo di insetticidi, fungicidi ed erbicidi) hanno poco impatto sul suolo. I tassi di applicazione rispetto al volume del suolo lo assicurano. Un prodotto tipico potrebbe essere applicato al massimo assoluto di 1 kg per ettaro. La maggior parte sono circa 10 volte meno di questo. Se le radici e la rizosfera sono profonde almeno 25 cm, si tratta di 500 metri cubi di suolo per ettaro. Anche se tutto lo spray manca la coltura e colpisce il suolo, si tratta di 2 grammi di pesticida per tonnellata di suolo.

La degradazione da parte dei microbi del suolo è la via chiave per la rimozione dei pesticidi dal suolo. Sono una fonte di carbonio...

I fertilizzanti sono applicati in dosi molto più alte e c'è del lavoro su come impattano alcuni tipi di microbi.

Ma la caratteristica principale della moderna agricoltura convenzionale che influisce sulla microbiologia del suolo è l'aratura e non la sostituzione della materia organica. La materia organica è principalmente materia vegetale in decomposizione o letame (anch'essa materia vegetale in decomposizione...) L'aratura apre il terreno e permette l'ingresso di più ossigeno, il che aumenta l'attività dei microbi e impoverisce la materia organica più rapidamente. La migliore pratica raccomandata di recente per gli agricoltori è quella di utilizzare colture di copertura e pratiche no-till per mantenere alto il contenuto di materia organica, indipendentemente dall'uso di fertilizzanti o pesticidi aggiuntivi.