Questo dipende. Per un chimico, un pesticida organico è un pesticida che contiene carbonio. Tutti i pesticidi usati regolarmente in agricoltura sarebbero organici.

Per un consumatore, un pesticida organico potrebbe essere un pesticida che proviene da una fonte naturale piuttosto che da una sintesi chimica industriale (ovviamente, i pesticidi naturali sono sintetizzati chimicamente, ma da esseri viventi). A seconda di chi parla, può includere o meno estratti fatti da piante o animali che sono pesticidi.

Molti pesticidi naturali sono estremamente tossici per l'uomo, e molti pesticidi commerciali lo sono molto meno (anche se nessuno di essi fa particolarmente bene), quindi il fatto che siano prodotti naturalmente invece che sinteticamente non ha davvero alcuna influenza sulla loro sicurezza per l'uomo.

Per un agricoltore biologico, e per l'USDA, il termine è specificamente un prodotto naturale che dimostra efficacia nel respingere o uccidere i parassiti agricoli, ma non dimostra effetti negativi sulla salute degli esseri umani quando viene consumato. Non ci sono molti composti di questo tipo, ma cose come la delta-endotossina del Bacillus thuringiensis (alias Bt) è molto popolare. È molto facile coltivare questo batterio del suolo e indurlo a creare grandi quantità di tossina Bt e dissolverla in acqua. Quando viene consumata da insetti con l'intestino alcalino, la tossina causa la perforazione del tratto digestivo dell'insetto e questo muore. Questo è stato usato per decenni dagli agricoltori biologici, ed è l'insetticida che si trova nelle colture geneticamente modificate Bt della Monsanto. Gli esseri umani possono mangiare Bt senza effetti (anche se, se si acquistano le formulazioni commerciali, spesso contengono saponi che potrebbero causare disturbi allo stomaco se consumati in quantità).